Illustratorの保存形式には「ai」「eps」「ait」「pdf」「svg」という選択肢がありますが、どう使い分けるのでしょうか？

それら拡張子の持つ意味を項目別に分けて解説していきたいと思います。

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.ai形式

Illustratorで編集するためのフォーマットで、Illustratorの持つ機能をすべて保存できる固有の形式です。そのデータを制作したIllustratorと同じバージョンか、下位バージョンで開くことができます。

但し10.0以降は保存時に「PDF互換ファイルを作成」にチェックを入れると、AI保存でもPDF対応しますのでAcrobatでも展開できます。

.eps形式

Illustrator以外のソフトでも展開できる汎用の形式で、ポストスクリプトに準拠した記述のデータ形式です。完全再現とはなりませんが、EPS形式に対応しているソフトであれば展開は可能です。但しIllustrator独特のアピアランス効果やレイヤーが含まれていれば、その機能が排除されることはあります。

また出稿の際に、印刷業者から「EPS形式」保存を指定されることがある理由は、EPS形式が「PostScript（PS）プリンタに対応したセッター」で出力するためのフォーマット（印刷の標準形式）だからです。

印刷機で出力しやすい形式ですので以前は今とは違って印刷業者に出稿するデータを「EPS形式」保存することが基本でした。

.ait形式

自分が良く使う設定で作成したデータを「テンプレート(ひな形)」保存する形式。

新規ドキュメントを立ち上げた時に「ファイルメニュー＜ テンプレートから新規作成」でテンプレート保存した設定(ドキュメントサイズ、解像度、フォントや線幅、オブジェクト塗り、各パレット等)を呼び出して同じ状態からデザインし始められるので効率的です。

.pdf形式

電子文書の標準形式で、Illustratorから直接「Acrobat PDF形式」を作成するためのフォーマットです。「Illustrator編集機能を保持する」にチェックを入れないで保存するとデータは軽量化されますが、後でIllustratorからは開かなくなります。
Acrobat PDF形式の保存オプションを見ればわかりますが、PDF保存は必ずしもAI保存と同じではありません。

また、リンク配置した画像はすべて自動的に埋め込まれ、「圧縮オプション」で設定した解像度を超えている画像は、ダウンサンプルで再サンプルされて解像度が低くなります。

 .svg形式

Webで使えるベクタ画像形式で、「SVG形式」に対応している他のソフトで使う特殊な形式ですから、それ以外にこの形式を使うことはまずありません。「SVGZ形式」は圧縮し軽量化したデータです。

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以上のように、Illustratorの各拡張子には固有の役目がありますが、全てに共通しているのはベクター形式ということです。拡大縮小も可能でファイルサイズも小さくできます。